Геймплей Alpha Protocol будет во многом напоминать Mass Effect, но и оригинальных идей у проекта хоть отбавляй. И, наверное, самое главное из них — это инновационная система диалогов: во-первых, здесь больше нет бездельников, готовых потратить 2 часа на разговор с вами — у игрока имеется определённое время на ответ, иначе компьютер сам выберет фразу, и не факт, что она будет удачна.

Во-вторых, вы сможете убить своего собеседника, не выходя из диалога, просто пустив ему пулю в лоб. Ну и, наконец, от манеры вашего разговора будет зависеть стиль игры: вы можете прорываться боем, прятаться по углам, или же заговорить собеседника, наврав ему с три короба.